消費税の納税義務者には帳簿や請求書の記載・保存義務があります。この義務を守らないと、支払った消費税に算入していたものを否認されたり、簡易課税制度の適用で不利な事業区分とされたりといった不利益を被る恐れがあります。

課税仕入等について

仕入等にかかる消費税額（支払った消費税）の控除を受けるためには、課税仕入等の事実を記載した帳簿・それを証する請求書・領収書等を保存しなければなりません。
　但し、災害その他やむをえない事情によりその保存をすることができなかった場合には、その事実をその事業者が証明した時には、保存できなかったものについても支払った消費税として計算できます。

簡易課税の課税売上にかかる事業区分について

簡易課税制度を選択している事業者が複数の事業を営んでいる場合、みなし仕入率の計算にあたり原則的な計算方法のほか特例計算によることもでき、有利不利に応じてどちらでも選択可能となっています。
　ですが複数事業にかかる課税売上高を事業ごとに区分していない場合には、課税売上高全体をその事業者が営んでいる事業のうち最も低いみなし仕入率にかかる売上げとみなして計算しなければいけません。